تحلیل شبکه‌های زیستی

Analysis of Biological Networks

مقطع: تحصیلات تکمیلی گرایش: بیوانفورماتیک
نوع درس: نظری تعداد واحد: ۳
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

هدف کلی

شبکه‌های بیولوژیکی یکی از زمینه‌های جدید است که در آن فرآیندهای سلولی از طریق مدل‌سازی آن‌ها به صورت شبکه‌ای از برهم‌کنش‌های بین مولکول‌ها مورد مطالعه قرار می‌گیرند. تحلیل این شبکه‌ها شامل مسائل آماری و گرافی با کاربردهای مهم در زیست‌شناسی است. درس جاری، روش‌های به روز برای این تحلیل‌ها را ارایه می‌دهد.

سرفصل‌ها

  1. مقدمه شبکه‌های زیستی
  2. آشنایی با گراف‌ها و شبکه‌های زیستی
  3. نظریه گراف
  4. آشنایی با ابزارهای تحلیل شبکه (Cytoscape)
  5. ویژگی‌های عمومی شبکه‌ها
  6. معیار مرکزیت (Centrality) شبکه
  7. موتیف‌های شبکه
  8. خوشه‌بندی شبکه
  9. شبکه‌های زیستی و انتقال سیگنال
  10. شبکه‌های تنظیم ژنی
  11. شبکه‌های برهم‌کنش پروتئینی
  12. شبکه‌های متابولیک
  13. شبکه‌های فیلوژنی
  14. شبکه‌های اکولوژیک
  15. شبکه‌های مغز
  16. شبکه‌های همبستگی

ارزیابی پیشنهادی

منابع پیشنهادی

  1. Bjorn H. Junker and Falk Schreiber. Analysis of Biological Networks. John Wiley & Sons, 2008.
  2. Steve Horvath. Weighted Network Analysis: Applications in Genomics and System Biology. Springer, 2011.